La novena flotilla de submarinos alemana ( alemana9.Unterseebootsflottille ) se formó en octubre de 1941 en la comuna francesa de Brest. Entró en funcionamiento en abril de 1942, después de que el primer submarino listo para el combate, el U-213, llegara a la base de Brest el 20 de marzo de 1942. La flotilla operaba principalmente varias marcas del U-boot Tipo VII y concentraba sus esfuerzos principalmente en el Atlántico Norte, contra convoyes hacia y desde Gran Bretaña . La flotilla sirvió desde Brest hasta que la base estuvo amenazada de ser capturada por las fuerzas estadounidenses . El último de los submarinos de la flotilla, el U-256 partió de Brest el 4 de septiembre de 1944 hacia Bergen, Noruega, y esto marcó el final de la novena flotilla. Todos sus barcos supervivientes fueron reasignados a la 11.ª Flotilla de submarinos en Bergen.
El símbolo de la 9.ª Flotilla, Der lachende Schwertfisch o el "pez espada que ríe", se convirtió en el símbolo de la unidad después de que Lehmann-Willenbrock asumiera el mando. Anteriormente ha sido el emblema de la torre de mando de su mando anterior, U-96 de la fama de " Das Boot ".