Español: Todavía comúnmente conocida como Yorktown , fue asignada a una posición cerca de Mulberry Island en el río James para proteger el flanco derecho del Ejército Confederado de la Península .

El 13 de septiembre de 1861 y nuevamente el 2 de diciembre, el comandante Tucker llevó a Patrick Henry río abajo hasta un punto a unas 1,5 millas (2,4 kilómetros) por encima de Newport News, Virginia , y abrió fuego contra el escuadrón federal a larga distancia con la esperanza de sacar algunos de las cañoneras. La táctica fue rechazada, pero Tucker infligió algunos daños menores.

Durante la Batalla de Hampton Roads el 8 de marzo de 1862 en la que CSS Virginia destruyó los buques de guerra federales USS Cumberland y USS Congress , Patrick Henry intentó tomar la rendición de este último, pero fue atacado por baterías de tierra y tomó un proyectil en su cofre de vapor que mató cuatro hombres. Remolcada fuera de acción el tiempo suficiente para hacer reparaciones, pronto volvió a ocupar su puesto anterior.

Durante la histórica acción del 9 de marzo de 1862 entre Virginia y el USS Monitor , Patrick Henry disparó a larga distancia contra Monitor . El Congreso Confederado agradeció más tarde a todos los oficiales y hombres por su conducta galante durante la batalla de dos días.

Patrick Henry también estuvo presente durante algunas de las otras acciones de Virginia . En una atrevida operación nocturna el 5 de mayo de 1862, ayudó a retirar la propiedad confederada del Norfolk Navy Yard antes de que fuera abandonada a los federales.

Después de la rendición de Norfolk, Virginia, el 10 de mayo de 1862, el James River Squadron, incluido Patrick Henry , se retiró río arriba a Drewry's Bluff, donde los barcos federales que perseguían fueron rechazados el 15 de mayo.

Patrick Henry fue designado barco de la academia en mayo de 1862 y sufrió las modificaciones necesarias. En octubre de 1863, Patrick Henry albergó la Academia Naval de los Estados Confederados flotante en Drewry's Bluff, donde comenzó la instrucción para 52 guardiamarinas bajo la superintendencia del teniente William Harwar Parker . Posteriormente, los números aumentaron a sesenta, con la asistencia de trece maestros. A veces participaba en la acción con los guardiamarinas a bordo.

Cuando Richmond fue evacuado el 3 de abril de 1865, Patrick Henry fue quemado para evitar la captura. A sus guardiamarinas se les encargó la entrega de una tesorería de unos CS $ 500.000 a la nueva sede del gobierno de Danville, Virginia . Cuando se disolvieron, cada uno recibió $ 40 en oro para ayudarlos a llegar a sus hogares.