Cada Comité Olímpico Nacional (CON) puede ingresar un máximo de 2 equipos, 1 equipo de 4 atletas por cada género. Como anfitriones, Argentina recibió 2 equipos, 1 por cada género. El ganador de la Copa Mundial Sub-18 3x3 de Hombres y Mujeres 2017 se clasificó para los Juegos Olímpicos de la Juventud. Luego, los 8 mejores equipos no clasificados de cada género en los rankings de la Federación Nacional FIBA U18 3x3 (actualizado el 1 de abril de 2018) se clasificaron para los Juegos Olímpicos de la Juventud. Los 10 equipos restantes se clasificaron en los rankings nacionales con las siguientes restricciones; no más de 10 naciones del mismo continente pueden participar en un torneo y un mínimo de 30 CON debe participar en todos los eventos.[1]
Para poder participar en los Juegos Olímpicos Juveniles, los atletas debieron haber nacido entre el 1 de enero de 2000 y el 31 de diciembre de 2002. Además, todos los miembros del equipo debían haber participado en dos eventos 3x3 aprobados por la FIBA entre el 31 de julio de 2017 y el 31 de julio de 2018 y todas las federaciones nacionales debían haber organizado al menos tres eventos respaldados por la FIBA entre el 1 de abril de 2017 y el 1 de abril de 2018.[1]
Los equipos fueron confirmados oficialmente el 5 de abril de 2018.[2]
El torneo de hombres y mujeres adoptó una fase de grupos de round robin y una ronda de medallas de eliminación única, donde los 20 equipos participantes se dividieron en 2 grupos de 10. Cada equipo jugó un partido contra los otros equipos en su grupo y los 8 mejores equipos de cada grupo se clasificaron para las etapas eliminatorias.