Motivo ARN asd
motivo ARNasd | ||
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![]() Estructura esquemática consensuada de la estructura secundaria del motivo ARNasd. El "terminator" se infiere como terminador intrínseco: terminador de transcripción Rho-independiente.) | ||
Identificadores | ||
Identificadores externos | ||
Taxón | Streptococcaceae | |
Estructura/Función proteica | ||
Tipo de proteína | ARNs (tipo de ARN) | |
El motivo ARN asd es una estructura conservada de ARN encontrada en lactobacillales. El motivo asd fue detectado por métodos bioinformaticos.[1] Un ARN asd individual fue localizado en Estreptococo pyogenes mediante las técnicas de northern blot y microarray, y caracterizado como una molécula de 170 nucleótidos llamada "SR914400".[2] El sitio de inicio de la transcripción determinado para SR914400 corresponde al extremo 5′ de la molécula mostrada en la imagen. Pertenece a la familia de moléculas del ARN RF01732.
Algunos ARNasd están asociados a genes, como el gen asd, lo que sugiere una función reguladora en cis.[3] En cualquier caso, varias líneas apuntan a que este no es papel biológico de estas estructuras. En primer lugar, en algunos casos el ARNasd no está en el extremo 5' de la región no traducida de ninguno de los genes indicados. Segundo, en Estreptococo mutans, hay un promotor fuerte inmediatamente aguas abajo del terminador de la transcripción que sigue al ARNasd, y este promotor[4] precede a su vez al gen aguas abajo. Esta configuración sugiere que la transcripción del ARNasd es terminal, y el gen se transcribe aguas abajo del promotor. Finalmente, a pesar de que el gen asd codifica una enzima, la aspartato-semialdehido dehidrogenasa, que participa en la síntesis de metionina, lisina y treonina, los niveles de transcripción del gen asd permanecen constantes incluso cuándo las concentraciones de estos aminoácidos fluctúan.
Referencias
[editar]- ↑ «Comparative genomics reveals 104 candidate structured RNAs from bacteria, archaea, and their metagenomes». Genome Biology 11 (3): R31. marzo de 2010. PMC 2864571. PMID 20230605. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r31.
- ↑ «A genome-wide analysis of small regulatory RNAs in the human pathogen group A Streptococcus». PLOS One 4 (11): e7668. noviembre de 2009. PMC 2765633. PMID 19888332. doi:10.1371/journal.pone.0007668.
- ↑ «Single nucleotide resolution RNA-seq uncovers new regulatory mechanisms in the opportunistic pathogen Streptococcus agalactiae». BMC Genomics 16 (1): 419. mayo de 2015. PMID 26024923. doi:10.1186/s12864-015-1583-4.
- ↑ «Nucleotide sequence of the asd gene of Streptococcus mutans. Identification of the promoter region and evidence for attenuator-like sequences preceding the structural gene». The Journal of Biological Chemistry 262 (7): 3344-53. marzo de 1987. PMID 2434499.