El Club Alianza Lima ha tenido 28 Presidentes a lo largo de toda su vida institucional, siendo todos ellos de nacionalidad peruana. Se especula que el primero de ellos fue José Carreño, uno de los fundadores del club. Sin embargo, no existen datos precisos que señalen quien ocupó la primera presidencia de Alianza. Algunos señalan a alguien apellidado Villarreal, por otra parte algunos creen que se trató de Hipólito Venegas. No obstante, la mayoría piensa que fue Ramón Aranda. La distribución de los cargos en la directiva tampoco está del todo clara. Empero, es una realidad que el «padrino» y Presidente honorario fue Foción Mareátegui, quien aceptó de buena forma la invitación, ya que simpatizaba mucho con la práctica de los deportes.[1]
El Presidente que más tiempo mantuvo su cargo fue Augusto Mulanovich, llegando a estar 11 años a cargo del club.[2] Mulanovich y José Vásquez Benavides, han sido los únicos Presidentes aliancistas que tuvieron en algún momento, dos períodos.[2] En el caso de Mulanovich fueron 1945-1950 y 1961-1972, mientras que Benavides estuvo en la Presidencia durante los años de 1942-1944 y 1951-1960.[2] El único Presidente Honorario que tiene el club es Alfonso De Souza Ferreira Basagoitia, cuyo hijo, Alfonso De Souza Ferreira Remuzgo, fue la cabeza de la institución en el período 2002-2007.[2] Desde 1996 cada mandato Presidencial dura un lapso de tres años, y cada Presidente es elegido por los socios del club, quienes a través de un voto democrático lo eligen. En el 2008, debido a un desacuerdo entre las listas de Carlos Franco y Augusto Claux, no se pudo realizar la votación. Sin embargo el Vicepresidente Carlos Franco llevó las riendas del Club como Presidente Interino desde el 15 de setiembre de 2007 hasta el 18 de mayo de 2009. Finalmente las elecciones se llevaron a cabo el 18 de abril del 2009. Guillermo Alarcón se proclamó Presidente electo al vencer a Carlos Tizón por 130 votos de diferencia. La nueva directiva tomó las riendas del club íntimo el 18 de mayo de 2009.[3]
