La participación de Villa Cubas en el Torneo Federal B de 2014 marcó su 4.° participación en la cuarta categoría del futbol nacional, todas de manera consecutiva, siendo esta la primera participación en el flamante Federal B luego de la reestructuración. Esta fue la 13.° temporada participando de ligas de AFA y CFFA en la historia del club.
Primera fase: Con los 128 clubes se conformaron una zona de cuatro equipos y otra de seis, dos de siete equipos cada una y 13 zonas de ocho equipos cada una (total: 17 Zonas). Se llevará a cabo por el sistema de puntos en cada una de las zonas, las cuales jugarán todos contra todos a dos ruedas (dentro de su zona) en partidos de ida y vuelta, a excepción de la Zona 1, en la que los equipos se enfrentarán a tres ruedas. De la zona 1, clasifican a la Segunda fase el primero y el segundo, y de la zona 2, clasifican a la Segunda fase del primero al cuarto (total: 6 equipos). Del resto de las zonas (3 a 17), clasifican a la Etapa Final del primero al tercero de cada zona y los ocho mejores cuartos de las zonas integradas por ocho clubes (total: 53 equipos).
Segunda fase: Estará integrada por dos clubes clasificados de la zona 1 y por cuatro clubes clasificados de la zona 2 de la Primera fase. Se disputará por eliminación directa, a doble partido uno en cada sede. Se ordenarán a los clubes de la posición 1º a 6º de acuerdo al promedio de puntos obtenidos en la Primera fase, dividiendo los puntos obtenidos por la cantidad de partidos jugados. Los enfrentamientos serán de la siguiente manera: 1º vs 6º / 2º vs 5º / 3º vs 4º. Actuarán de local en el primer partido las posiciones 4º, 5º y 6º. Los tres ganadores clasifican a la Etapa Final.
Etapa Final: Estará integrada por los tres clubes clasificados de la Segunda fase y por los 53 clubes clasificados de la Primera fase de las zona 3 a la zona 17 (total 56 clubes). Los enfrentamientos serán teniendo en cuenta la cercanía geográfica de los clubes y a la distribución de los ocho mejores clubes clasificados en cuarto lugar. Esta fase contará de tres rondas eliminatorias:
Primera ronda: Los 56 equipos clasificados jugarán por eliminación directa, a doble partido uno en cada sede. Los 28 equipos ganadores clasifican a la Segunda ronda.
Segunda ronda: Estará integrada con los 28 equipos clasificados de la Primera ronda. Se disputará por eliminación directa, a doble partido uno en cada sede. Los 14 equipos ganadores clasifican a la Tercera ronda.
Tercera ronda: Estará integrada por los 14 equipos clasificados de la Segunda ronda. Se disputará por eliminación directa a doble partido, uno en cada sede. Los siete equipos ganadores ascienden al Torneo Federal A 2015.