Discusión:Bioinformática

Desarrollar el artículo[editar]

El artículo es solo una lista de enlaces a bases de datos, falta muucho trabajo. Cuando tenga tiempo voy a escribir. sherman 20:27 13 ene 2008 (UTC)[responder]

Definición[editar]

Me parece muy bien la definición que presentan.

GA y NN no son bioinformatica !, muestrenme una buena referencia donde diga eso, si es una interesante relacion entre biologia y ciencias de la computacion, pero no creo que entren dentro del area de bioinformatica.

Ha ! ya veo, fue Lahoz quien puso esa tonteria de poner a NN y GA dentro de la Bioinformatica, pues asi lo hizo en su libro, no entiendo como una persona que escribe un libro puede hacer las cosas mas complicadas. Que tal si le llamamos bioinformatica a la aplicacion de ciencias de la computacion (y matematicas) para resolver problemas en biologia y le ponemos otro nombre al hecho de crear algoritmos inspirados en sistemas biologicos. Por ejemplo, donde clasificariamos "simulated annealing"? en la "metalinformatica"?, no creo, mejor lo ponemos en una nueva categoria junto con GA, que al fin y alcabo se parecen mucho.

El que escribio lo de arriba no tiene mucha idea de este area. Por este desconocimiento de muchas personas que escriben en Wikipedia, este proyecto esta fracasando. Que pena!

Hola

Es cierto que el artículo es muuuuuy limitado y no da una idea clara de lo que se hace en este campo. Sin embargo, técnicas como NN y GA forman parte de la metodología utilizada en bioinformática sin duda alguna. Sin duda no son técnicas básicas, pero han tenido y tienen su aplicación, especialmente la primera (por ejemplo, en predicción de genes o en anotación automática de función de proteínas).

Prometo trabajar en este artículo en cuanto tenga ocasión. Realmente es una pena como está.

Saludos Texto en negrita

Pues como proyectillo...[editar]

...para el fin de semana, creo que ya está bien.

He traducido todas las áreas de investigación que quedaban en el artículo en inglés, así como el pequeño apartado sobre herramientas software. Además, he añadido biblio, enlaces a la wiki en español, alguna corrección de estilo y algunas adiciones genéricas.

Queda pendiente:

Actualizar/mejorar enlaces externos.
Actualizar bibliografía.
Completar el apartadillo de las herramientas software, que se me antoja algo raquítico.
Ir añadiendo algún epígrafe adicional (historia, herramientas conceptuales,...)

Pero sobre todo:

Redactar una nueva intro con un poco más de sustancia.

Intentaré ir haciendo alguna cosilla. A ver si alguien se va animando, también.

--Asasia 13:12 17 feb 2008 (UTC)[responder]

Sobre enlaces externos[editar]

Es uno de los apartados a revisar. Por empezar por algún sitio, en "Directorios" encontramos incidencias en:

Portal de la Red Iberoamericana de Bioinformática, http://portal-bio.ula.ve/: enlace roto (403 Forbidden). Lleva tiempo así, por lo que se elimina.
Bioinformáticos, http://www.bioinformaticos.com.ar/: se obtiene desde hace unas semanas un mensaje de mantenimiento. Conviene ponerlo en revisión, esperar un tiempo y ver reactivación.

--Asasia (discusión) 15:57 2 mar 2008 (UTC)[responder]

- Bueno: hay un enlace correcto (http://rib.cecalc.ula.ve/) al sitio de la Red Iberoamericana de Bioinformática, que se añade al artículo. Aunque no parece que tenga mucha actividad...--Asasia (discusión) 16:09 2 mar 2008 (UTC)[responder]

Yo soy el administrador de bioinformaticos.com.ar. Por el momento está caído el servidor, si querés borrala y cuando esté todo funcionando de nuevo la vuelvo a poner. sherman (discusión) 22:25 2 mar 2008 (UTC)[responder]

OK. Hasta pronto. Asasia (discusión) 20:07 3 mar 2008 (UTC)[responder]

Sobre las escuelas[editar]

¿Alguna referencia sobre el tema de las "escuelas"? Asasia (discusión) 20:35 9 may 2008 (UTC)[responder]

Cambios en la intro[editar]

He eliminado la introducción anterior y he redactado una nueva en la que parte es traducción del artículo en inglés y parte nueva (y referenciada, que es de lo que más adolece el artículo). El significado y la aplicación de los términos son difusos, y conviene tanto intentar precisarlos como, precisamente, poner de manifiesto esa utilización indiferenciada bastante generalizada. De todas formas, y como debe ser, es mejorable. A ver quién se anima. Y queda lo peor: referenciar en el texto todo el artículo! Asasia (discusión) 18:58 21 ago 2008 (UTC)[responder]

Bioinformática 2.0[editar]

Tras la nueva introducción, he añadido un apartado sobre su historia, y he referenciado todo el artículo. Referenciar la parte traducida inicialmente de la wiki inglesa ha sido una especie de ingeniería inversa: buscar los artículos o documentos que soportaran lo que los colegas angloparlantes habían escrito. Ha sido una actividad muy interesante, pero seguro que algunas referencias se podrán mejorar. Para dejar redondo el artículo quizá faltaría un apartado sobre los fundamentos y herramientas básicas de la bioinformática. A ver si alguien se anima. Yo, de momento, lo dejo como está para intentar dedicarme a otras cosillas. Asasia (discusión) 19:39 4 oct 2008 (UTC)[responder]

Enlaces externos[editar]

Considero que la información de una enciclopedia debe estar en cada uno de sus artículos y no fuera, por lo que si algunos de los enlaces externos tiene información relevante sobre el tema se debería incluir como contenido del mismo y luego referenciar la web donde se extrajo. Considero que la mayoría de los enlaces externos de este artículo hacen de directorio web y/o publicidad, no adecuándose a WP:EEX. En el fondo no señalo la cantidad en sí, sino el contenido.

Estoy de acuerdo con la observación de Farisori sobre la sección académica y las publicaciones citadas como referencias (con autores, fechas, isbn, etc)

Esperando que el tiempo no nos devore y que tratemos de orientar esto al mejor camino posible, los saludo. --Arcibel (Discusión) 21:38 12 jun 2010 (UTC)[responder]

Hola, Arcibel: sobre lo que tú consideras y sobre tu interpretación de WP:EEX, te contesto en tu discusión, ya que creo aquí no procede. Sobre los enlaces de publicidad, sería conveniente los especificaras. Un saludo, Asasia (discusión) 00:55 13 jun 2010 (UTC)[responder]

Señalo aquí aquellos que deberían reverse:

Sección Proyectos de Software: la lista incluida aquí es parcial, ¿cual es el criterio para colocar estos proyectos y no otros? Creo que esta sección se debería trasladar a Wikiuniversidad o crear un anexo de forma tal que permita crear un listado con todos los proyectos de software relacionados, indicando líder de proyecto, fin o metas, fecha de creación, dependencia orgánica o universitaria, etc.
Sección Empresas: Existe más de tres empresas dedicadas al tema, estos enlaces aquí funcionan como promoción. Recomiendo remover los enlaces.
Sección Directorio: Retiraría los enlaces que no son en español. El enlace a la Red Iberoamericana de Bioinformática no posee contenido. Bioinformáticos: funciona como una web de noticias privada, no responde a ninguna organización u ente gubernamental, el link no enlaza a ningún directorio. Recomiendo remover los enlaces.
Sección Publicaciones especializadas: Creo que es conveniente trasladar la sección a Wikiuniversidad o tomaría la idea de Farisori, y crearía un anexo con un listado de las publicaciones especializadas, indicando origen, idioma, autores y editores, y demás datos relevantes.
Sección Otros recursos en español: Enlace a curso de PERL. Si bien el lenguaje PERL puede estar relacionado con el tema, el núcleo del artículo no trata sobre la programación en sí; recomiendo su remoción. El otro enlace sobre el libro recomiendo retirarlo por ser promocional, el link señala un libro que google solo permite visualizar un número limitado de páginas, no permite descarga, y apunta a sitios de compra del mismo.

Saludos, --Arcibel (Discusión) 15:28 13 jun 2010 (UTC)[responder]

Hola, Arcibel: te comento por epígrafes:

Proyectos de software: cualquier lista de proyectos software va a ser parcial. Los que se recogen son los más representativos de los de código abierto de cada uno de los lenguajes de programación más relevantes en este campo. Se echa de menos algún representante de C o C++, que los hay, y habrá que incluirlo en cuanto se pueda. He eliminado algunos enlaces muy específicos (herramientas para OSX o distribuciones Linux), y he corregido el enlace de Bioconductor, que apuntaba al artículo en WP. Estoy de acuerdo contigo en que procedería convertir esta relación en un anexo al que podría añadirse más información relevante y útil. A la espera de que algún editor (me incluyo, si encuentro tiempos mejores) tome la tarea, debería quedar más o menos como está.

Empresas: elimino GENOMICA, ya que su área de trabajo no es estrictamente el software. Incluyo alguna más del sector. Las que figuran en la lista son empresas españolas (desconozco si existe alguna en otros paises con nuestro idioma), y ya que hay tan pocas bien está, en mi opinión, que figuren en un artículo de la wiki en español. Hay alguna otra (no muchas más, por desgracia) que habría que incluir. Respecto a la posible promoción, sabes que hay relaciones y menciones a firmas privadas a lo largo de toda la wiki. En en.wp tienen un anexo con una veintena de compañías, que habría que importar y ampliar identificando a las de nuestro contexto. Mientras tanto, mantengamos a la vista lo poco que tenemos.

Iré avanzando con el resto de los temas. Un saludo, Asasia (discusión) 20:02 18 jun 2010 (UTC)[responder]

Continúo:

Directorios: eliminados Bioinformatics.fr (enlace muerto) y Biosites (sin actualizar desde 2008; toda una eternidad). El Portal Latinoamericano de Bioinformática depende de un centro de la Universidad de los Andes, y no sé muy bien a qué te refieres cuando dices que no posee contenido. En cuanto a Bioinformaticos.com, es cierto que no parece depender de ningún organismo oficial, pero no hay nada en las políticas, que yo sepa, que así lo exija. Además, es un sitio actualizado, sin publicidad, y con contenido relevante sobre el tema para el área latinoamericana. Estos dos últimos enlaces no parecen encajar muy bien bajo la sección de Directorios, por lo que los traspaso a Otros recursos en español. Hablando de este último...

Otros recursos en español: en cuanto al curso de Perl, fíjate que se trata de un curso de Perl para bioinformáticos de la Universidad Autónoma de Barcelona. Puesto que en bioinformática lo que no es hardware es programación, es relevante y útil. En cuanto al libro de Lahoz-Beltrá, es ADN residual del jurásico, y el concepto actual de bioinformática ya no tiene nada que ver con el de este libro. Además, y por lo que también comentas con razón, se elimina.

Publicaciones especializadas: tienes razón con lo de la conveniencia de explicitar y ampliar esta información en un anexo. En la wp inglesa hay lista con más de 30 publicaciones, contando buena parte de sus entradas con su propio artículo. Como en casos anteriores, y a la espera de que alguien tome la tarea, debe mantenerse esta información en el actual formato.

Ha sido conveniente revisar todos los enlaces que comentabas, ya que el campo está en continua renovación y actualización. Muchas gracias por tu interés. Saludos, Asasia (discusión) 09:25 19 jun 2010 (UTC)[responder]

Enlaces rotos[editar]

http://gel.ym.edu.tw/~chc/AB_papers/03.pdf

Elvisor (discusión) 03:29 30 jul 2013 (UTC)[responder]

Enlaces rotos[editar]

Elvisor (discusión) 11:02 30 nov 2015 (UTC)[responder]

Enlaces externos modificados[editar]

Hola,

Acabo de modificar el enlace externo {linkrescued} en [[{Bioinformática}]]. Por favor tomáos un momento para revisar mi edición. Si tenéis alguna pregunta o necesitáis que el bot ignore los enlaces o toda la página en su conjunto, por favor visitad esta simple guía para ver información adicional. He realizado los siguientes cambios:

Se corrigió el formato o el uso para http://biocomp.cnb.uam.es/Biocomp/
Se añadió el archivo https://web.archive.org/web/20120905155331/http://www.bisti.nih.gov/docs/CompuBioDef.pdf a http://www.bisti.nih.gov/docs/CompuBioDef.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.dei.isep.ipp.pt/~acc/docs/arpa.html
Se corrigió el formato o el uso para http://www.wired.com/science/discoveries/news/2008/05/dayintech_0522
Se corrigió el formato o el uso para http://www.mol.biol.ethz.ch/groups/wider_group/publications/WIDERjmolbiol155.311.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.inegi.gob.mx/inegi/contenidos/espanol/prensa/contenidos/articulos/tecnologia/dns03.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www-math.mit.edu/~lippert/18.417/papers/altschuletal1990.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/291/5507/1195/
Se corrigió el formato o el uso para http://www.celera.com/celera/history
Se corrigió el formato o el uso para http://www.sanger.ac.uk/HGP/draft2000/nhgri.shtml
Se corrigió el formato o el uso para http://www.fda.gov/bbs/topics/news/2004/new01149.html
Se corrigió el formato o el uso para http://www.cbcb.umd.edu/papers/ADCOM6006.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.cbcb.umd.edu/research/genefinding.shtml
Se corrigió el formato o el uso para http://darwin.uvigo.es/people/fabascal/tesis.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.diva-portal.org/diva/getDocument?urn_nbn_se_kth_diva-4115-3__fulltext.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.aacr.org/home/public--media/for-the-media/fact-sheets/cancer-concepts/snps.aspx
Se corrigió el formato o el uso para http://www.broad.mit.edu/~thouis/JonesEtAlMIAAB.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://www.ncdir.org/pubs/Sali/139_RussellCurOpStrBiol2004.pdf
Se corrigió el formato o el uso para http://biomoby.org/
Se corrigió el formato o el uso para http://ocw.mit.edu/courses/biology/7-91j-foundations-of-computational-and-systems-biology-spring-2004/
Se corrigió el formato o el uso para http://nostoc.stanford.edu/Docs/
Se corrigió el formato o el uso para http://www.a2b2c.org.ar/
Se añadió el archivo https://web.archive.org/web/20060323060012/http://www.bepress.com/ijb/ a http://www.bepress.com/ijb/
Se corrigió el formato o el uso para http://publishing.royalsociety.org/index.cfm?page=1058
Se corrigió el formato o el uso para http://compbiol.plosjournals.org/
Se añadió el archivo https://web.archive.org/web/20060420031028/http://www.bepress.com/sagmb/ a http://www.bepress.com/sagmb/
Se corrigió el formato o el uso para http://www.computer.org/tcbb/
Se corrigió el formato o el uso para http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome/research/informatics.html