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El virus de la influenza A (H1N1) (también llamada inicialmente como el "virus de la gripe porcina" o como la "nueva gripe") arribó a Honduras el 21 de mayo de 2009. La primera persona infectada de Honduras por la pandemia se trató de una niña del norte del país, en San Pedro Sula.
El 21 de mayo, el presidente de Honduras, Manuel Zelaya, presentó a una niña de nueve años de edad, que fue confirmada como el primer caso positivo de la gripe A (H1N1) en el país, tras exámenes practicados en la CDC de Atlanta, Estados Unidos. "Quisimos presentar a la niña y a sus hermanas y al papá para que hubiera tranquilidad en la población porque si se anuncia el primer caso y no se presenta recuperada, se haría una alarma innecesaria", afirmó Zelaya.
El 22 de junio, el el Ministro de Sanidad de Honduras reportó más casos, subiendo a 118, y la primera muerte en Honduras.
El 29 de agosto, hubo un total de 372 casos, acompañado con 10 muertes. Los casos en Tegucigalpa estan siendo disparados, incluyendo un hospital que tiene más de 400 casos sospechosos.