Primera fase: Se jugó con los seis equipos establecidos, se dividió en dos grupos de tres equipos cada uno y jugaron todos contra todos ida y vuelta (6 fechas), al final los equipos que terminaron en primer lugar de cada grupo avanzaron a la siguiente fase y clasificaron a los play-offs de Segunda Categoría 2020.
Final: La disputaron los dos equipos clasificados de la primera fase, fue a partido único y el ganador se coronó como campeón provincial, además de clasificar a la primera fase de la Copa Ecuador 2021.
Fuente: Aso Manabí Colores: Verde = victoria local; Amarillo = empate; Rojo = victoria visitante. Para partidos aún no disputados, una a indica que hay un artículo sobre el partido.
Fuente: Aso Manabí Colores: Verde = victoria local; Amarillo = empate; Rojo = victoria visitante. Para partidos aún no disputados, una a indica que hay un artículo sobre el partido.
↑ abEl campeón del torneo 2020 fue el Club Deportivo La Paz, sin embargo el club no participó de los torneos organizados por FEF en la temporada 2021. Por tanto el cupo de Manabí en la Copa Ecuador 2021 fue cedido al subcampeón del torneo provincial 2020, el Club Ciudad de Pedernales.