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Zaragoza CFF, El club procede del Inter Aragón Winter Garden (1997), fundado por David Magaña, que fue presidente del CD. Transportes Alcaine hasta junio de 2005, momento en el que la familia Alcaine entró a liderar el proyecto seducida por la propuesta que él mismo les realizó. Años antes, desde el 2000, la familia Alcaine ya había entrado en el equipo como patrocinadores. Carmelo Alcaine se hace, honoríficamente, con la presidencia del club en el 2002, siendo vicepresidente Rubén Alcaine, el equipo juega entonces en Territorial.
En la temporada 2004/05 se logra el soñado ascenso a Superliga, tras el gol de la aragonesa Silvia Meseguer frente al Rayco Canario, con David Magaña como entrenador, que pasa a ser el Director Deportivo una vez la familia Alcaine toma el control de Club. Con ellos al frente el club vive una rápida progresión e inscribe su primer filial, en la Liga Territorial Aragonesa, que sería el comienzo de la cantera. Arilla se convierte en el primer entrenador del equipo en la máxima categoría, técnico que ese mismo año deja su puesto a quien hasta entonces era su segundo, Nico Pedraza, que ocupa el banquillo durante esa primera temporada en la élite y durante la 2006/07. En ambos casos el equipo logra el objetivo de la permanencia. Verónica Boquete llega al club en la temporada 2005/06 tras lograr el ascenso el equipo aragonés, militando durante 3 temporadas. En la segunda temporada de Pedraza como técnico la plantilla se refuerza con las internacionales brasileñas Andreia Suntaque, Emily Lima.
En la temporada 2007/08, se ficha a Alberto Berna como entrenador del Primer Equipo. Esa misma campaña el club llega a un acuerdo de patrocinio con el Grupo Prainsa, quien durante seis años da nombre al equipo (Prainsa Zaragoza). El técnico, en su primera campaña en el banquillo, logra clasificar al equipo en la octava posición, puesto que le da derecho a disputar la Copa de la Reina por primera vez en la historia. En esa primera participación las aragonesas logran llegar hasta las semifinales de la competición, cayendo entonces con el Rayo Vallecano, quien sería finalmente el campeón de esa edición.
En la temporada 2008/09 el club hizo historia al lograr su mejor clasificación liguera ocupando la quinta posición y llegando hasta la final de Copa, que se disputó en el estadio municipal de La Romareda ante 10.000 espectadores. El conjunto aragonés cayó entonces frente al Espanyol tras haber eliminado al Atlético de Madrid y al Barcelona.
En la temporada 2009/10 el equipo vuelve a realizar una gran temporada ocupando la sexta posición en la LIGA y siendo eliminadas en cuartos de final de la Copa por el Espanyol.
En la 2010/11 la plantilla aragonesa repite los mismos guarismos que la temporada anterior, tanto en la Liga como en la Copa.
En la temporada 2011/12 la liga pasa a ser de 18 equipos, el equipo acaba noveno y se queda fuera de la Copa.
En la campaña 2012/13, tras un titubeante comienzo con 4 derrotas consecutivas, la plantilla consigue alcanzar el séptimo puesto y vuelve a disputar la fase final de la Copa de la Reina por quinta vez en su historia. En el torneo del KO las aragonesas eliminan al Sant Gabriel y al Levante, siendo derrotadas por el FC.Barcelona en la final.
En la temporada 2013/14 el equipo acaba decimosegundo y fuera de la Copa.
En la 2014/15 se logra la salvación en la última jornada de Liga frente al Collerense en Mallorca por un gol cero. El gol de la aragonesa, Marta Cardona, resultó decisivo para la consecución de la permanencia.
En la 2015/16 el equipo acaba decimoprimero tras lograr una cómoda permanencia.En la temporada 2016/17 el fútbol femenino sufre una gran transformación gracias al apoyo de Iberdrola, quien pone nombre a la competición. Primero fue la creación de la Asociación de Clubes de Fútbol Femenino, impulsada por LaLiga, el 6 de noviembre de 2015, posteriormente, ya en el 2016, llegó el acuerdo con la red eléctrica por el que LaLiga se comprometía a apoyar económicamente a la competición femenina en la misma medida que el patrocinador principal. A la liga llegaron también las televisiones, BeinSport, televisando un partido por jornada, y GolTV, televisando dos encuentros apostaron por este deporte. A estas televisiones hay que añadir el apoyo que desde años atrás venía dando al club Aragón Televisión, televisión autonómica de Aragón. El 26 de septiembre de 2016 el club pasa a llamarse Zaragoza CFF.
En la temporada 2017/18 tras una primera vuelta aciaga, el equipo intenta retomar el vuelo para no dar con sus huesos en Segunda División. Se hacen fichajes en le mercado invernal para intentar reforzar la plantilla y, aunque está a punto de conseguirlo, el club acaba en los puestos de descenso en la última jornada de liga. A falta de tres jornadas José Manuel Perna, entrenador del filial, toma las riendas del primer equipo hasta final de temporada.
En 2018, el club contaba con 8 equipos, con 150 niñas, que juegan en las siguientes categorías: Segunda División, Territorial A y B, Infantil A y B, Alevín A y B, Benjamín. Además, con la apertura de la Escuela de fútbol en Octubre, se comenzó a formar a jugadoras de entre 5 y 7 años, generando en ellas el hábito del deporte y despertando el extraordinario sentimiento de equipo que conlleva practicar este deporte, fomentando así la igualdad de oportunidades entre niños y niñas para la práctica del fútbol
fútbol sala del Instituto de Enseñanza Secundaria Media Albaida. Un año más tarde, y de la mano de David Magaña –entrenador y presidente del equipo hasta 2005–, crearon el Inter Aragón Winter Garden de fútbol 11. En esa temporada lograron ser campeonas de Aragón de fútbol sala en categoría juvenil y, en la siguiente, consiguieron el ascenso a Primera Nacional Femenina de fútbol 11 (segunda categoría estatal). Antes, en 2000, se llegó a un acuerdo para que la empresa Transportes Alcaine entrara como patrocinador. En las temporadas 2002/2003 y 2003/2004 fueron séptimas y cuartas respectivamente. En la siguiente llegó la heroicidad: campeonas en el grupo vasco y ascenso a Superliga en una fase con dos equipos que cuadriplicaban su presupuesto. El 29 de mayo de 2005, en el Estadio Pedro Sancho de Zaragoza. Sobre el césped, las jugadoras del Inter Aragón – Transportes Alcaine (Zaragoza) y las del Club Deportivo Rayco (Las Palmas). Un punto les valió a las zaragozanas para ascender a la máxima categoría del fútbol femenino: la Superliga.
La concejala de deportes del Ayuntamiento de Zaragoza, Cristina García. se limitó ha formalizar la cesión del campo municipal Mudéjar al Zaragoza CFF. Era la primera vez que se cedía una instalación municipal a un club de fútbol femenino.