El Defensor Arica fue fundado en un callejón de la Avenida Colonial en Lima. El año 1964 fue promovido a la Primera División de Perú, en ese entonces sólo de Lima y el callao. El año 1969 consiguió su mayor logro: fue segundo y clasificó a la Copa Libertadores de América. En 1970 jugó la Copa, junto con Universitario, el campeón peruano, y con los equipos ecuatorianos de América de Quito y el LDU. Quedó tercero en su grupo y por lo tanto fue eliminado.
El año 1972 jugó con un equipo juvenil (por eso fue llamado "el equipo desmantelado" por la prensa) donde destacaba Jesús Lavalle. Ése año perdió la categoría y jugó por unos años en la Segunda División, pero un año sus dirigentes dejaron de inscribirlo y el club desapareció.
